Dne 20.5.1729 obdržel jako třináctiletý tonzuru. Vpatnácti letech obdržel nižší svěcení, které mu udělil vratislavský sufragán biskup Sommerfeld. Byl poslán na studia do Říma, kde studoval na jezuitském kolegiu vletech 1731-1734. Získal zde doktorát filozofie. Svou doktorskou obhajobu vedl před přísedícím kardinálem protektorem Anibale Albano. Vroce 1734 byl jmenován kanovníkem vOlomouci a po návratu do Slezska získal kanovnictví i ve vratislavském biskupství, které mu bylo uděleno dne 25.12.1734 od kardinála Filipa Ludvíka Sinzendorfa. Vroce 1738 přijal vkostele sv. Martina ve Vratislavi vyšší svěcení a ve Vídni kaplanské svěcení. Těšíc se přízni biskupa Sinzendorfa, byl sním vroce 1740 na papežské volbě vŘímě. Od papeže Benedikta XIV. Získal dne 9.9.1740 hodnost preláta kustoda vkatedrální kapitule. Dne 5.2.1741 ho biskup Sinzendorf jmenoval představeným kolegiátní kapituly sv. Kříže ve Vratislavi. 
  Po obsazení Slezska pruským králem Friedrichem II. v roce 1741 získal dočasně přízeň nového režimu. Pruský král ho v roce 1743 jmenoval nominálním kanovníkem v sekularizované kolegiální kapitule v Piasku ve Vratislavi. Dne 26.3.1741 požádal pruský král katedrální kapitulu aby jmenoval Filipa Schaffgotsche biskupem koauditorem. Katedrální kapitula však protestovala, ani římská kurie nechtěla dát svůj souhlas. Nakonec však pruský král dosáhl svého. K přijetí jeho návrhu a k vysvěcení nového biskupa došlo dne 1.5.1744. Po smrti kardinála Sinzendorfa, který krátce spravoval rozdělení biskupství, se stal Filip Schaffgotsch oficiálně roku 1748 biskupem vratislavským. Následně ale za podporu Rakušanů v sedmileté válce však upadl v roce 1753 v nemilost u pruského krále.
 Po znovu obsazení císařskou stranou roku 1757 sloužil biskup Schaffgotsch ve Vratislavi slavné Te Deum na oslavu vítězství, protože vše nasvědčovalo, že válka bude pro císařské vítězná. Nakonec se tak nestalo a císařská armáda musela Slezsko vyklidit. V únoru roku 1763 byl uzavřen mezi válčícími stranami mír v Hubertsburku u Lipska. Marie Terezie a tím i země Koruny české, tak s konečnou platností navždy ztratily větší část bohatého Slezska. Přestože bylo odděleno Těšínsko, Opavsko a Nissko, které tvořily české Slezsko, hranice biskupství změněny nebyly. I když Fridrich II. poskytoval maximální v té době možnou náboženskou toleranci, tak postupně protestantská církev nabývala nad katolíky vrchu.
 Po celou dobu pontifikátu biskupa Filipa Schaffgotsche defakto probíhaly v jeho mocensky rozdělené diecézy války. Vratislav byla opakovaně obsazována císařskou armádou, saskou i pruskou a obležena i ruskou armádou. Slezsko a tím i biskupství během válek postihovaly obrovské materiální škody. Biskup Schaffgotsch, byl pochopitelně nepřijatelný pruskému králi pro svoji římskokatolickou poslušnost. Byl dokonce tři roky držen v opolském klášteře a byl mu zakázán styk s vídeňským dvorem. V dubnu 1766 se podařilo biskupovi uprchnout do Jeseníku. Řídil pak pouze katolickou rakouskou část diecéze a usídlil se na zámku Jánský Vrch.
 Biskup Schaffgotsch zřídil v Javorníku na zámku ředitelství biskupských statků pro zbylou část Slezska. Zámek Jánský Vrch se však stal hospodářským i správním centrem celé diecéze. Biskup byl velikým milovníkem hudby. Aby bylo kde na zámku provozovat koncertní představení, byla zbořena až do přízemí stará okrouhlá věž hradu a na jejích základech byl zřízen prostorný kruhový hudební sál s výbornou akustikou. Zámek se stal za jeho vlády střediskem hudebního a vůbec kulturního života celého kraje. Založil tam kapelu, ke které patřili i sólisté a sbor, takže tu zaznívaly nejen koncertní skladby, ale i opera. V roce 1769 pozval k pobytu na zámku již tehdy věhlasného hudebního skladatele Karla Ditterse, který dosud sloužil u biskupa Patačiče ve Velkém Varadíně v Uhrách. Jeho přičiněním tu působili časem i jiní skvělí muzikanti vesměs z Moravy a Čech – například bratři Antonín a Václav Batkové, Václav a František Červenkové a další. Byli to znamenití umělci a Jánský Vrch se stal v tu dobu v hudebním světě úctyhodným místem. V orchestru a sboru hráli a zpívali i šlechtici z okolí, měšťané i zámecké služebnictvo. Zpívala tu i Dittersova sestra Jana a vynikající sopranistka Nikolina Trinková, s níž se později Ditters oženil. Karel Ditters, který si koupil šlechtictví a stal se pánem z Dittersdorfu, působil v biskupských službách jako lesmistr a později jako hejtman v Jeseníku. Po krátkém období míru se v roce 1778 rozhořela opět válka s Pruskem pro spory o dědictví v Bavorsku. Biskup poučen ze svého pruského zajetí uprchl do Brna, kde setrval až do uzavření míru v Těšíně v roce 1779.
 V roce 1785 zabavil císař Josef II., pod záminkou nedbalého hospodaření, biskupovi jeho statky. Biskup byl zbaven pravomocí a dostal roční penzi 4000 zlatých. Zdůvodněno to bylo tím, že věnoval světské kultuře nesmírnou spoustu peněz. Divadlo a kapela stály ročně 10 tisíc zlatých – tehdy třetinu biskupských příjmů. Biskupovi se nedostávalo potřebných prostředků pro nákladný dvůr, až přestal vyplácet v plné výši úředníkům platy. Ti si po čase stěžovali u císaře, že jim biskup dluží 40 tisíc zlatých. Po smrti císaře Josefa II. vrátil Leopold II. biskupovi jeho zabavené statky a nucená správa byla odvolána. V této době pruskou část diecéze řídili apoštolští vikáři Jan Mořic Strachwitz a po něm Antonín Ferdinand Rothkirch. Pruský král Friedrich II. v roce 1773 v této části diecéze zrušil jezuitský řád, který v té době ovládal školskou výuku.
 Již stařičký biskup, zastupovaný v obou částech diecéze, se dočkal značného uklidnění mezi Pruskem podporovaným protestanty a katolíky, ke kterému došlo v důsledku vypuknutí Velké francouzské revoluce. V jejímž důsledku se dřívější úhlavní nepřátelé Habsburská monarchie a Prusko sblížily až k založení koalice.
 Biskup Schaffgotsch zemřel dne 5.1.1795 na Jánském Vrchu u Javorníka ve Slezsku a byl pochován v rodinné hrobce ve Slezských Teplicích. Jeho odchodem skončilo nejslavnější období v Javorníku.

Znak: Hlavní štít je čtyřikrát dělený a jednou polcený se středním štítkem pokrytým knížecí korunou. Střední dílek je čtvrcený. 1. a 4. pole je 7x červeno-stříbrně polceno. Ve 2. a 3. modrém poli je zlatý korunovaný gryf na skalnatém trojverší držící ve spárech stříbrný trojhranný kámen. 1. a 8. pole hlavního štítu je červené se 6 stříbrnými liliemi (3, 2, 1). 2. a 7. pole je zlaté s černou orlicí se stříbrným perizoniem na hrudi. 3. a 6. pole je červeno stříbrně šachované. 4. a 5. pole je zlaté s černou orlicí se stříbrným perizoniem na hrudi. Nad štítem je turnajská helma s červeno-stříbrnou točenicí a červeno-stříbrnými pokryvadly jež nese listnatý strom přirozené barvy, pod nímž kráčí doprava stříbrná ovce se zlatým zvoncem. Vpravo přilby je mitra, vlevo knížecí koruna. Podloženo berlou a křížem. Vše na knížecím plášti s korunou.

                                              3. července 1715 – 5. ledna 1795                        Nahoru